这两所大学到底哪个更厉害一些呢，我觉得综合来看，首都医科大学更好一些。
在1990-2000左右的合并潮之前，国内还是有很多非常厉害的医科大学的，甚至目前的这两所学校都是排不上好名次的。但是随着合并潮，基本上各地的医科大学陆陆续续的都被合并入了当地的985高校，医科大学也成了稀缺品。
虽然现在北京协和在学科评估时是单独评选的，但是在招生时除了护理专业，其他专业都是清华在招生，所以不算纯粹的医科大学了，更像是清华的附属。
我觉得现在这两所学校就像医科大学的两颗双子星，一个在南，一个在北，各有自己的地位和光芒。至于到底选择哪个，看你学习什么专业和以后想就业的地方。
首都医科大学简介：
建校于1960年，是北京市重点高等院校，已故著名泌尿外科专家、两院院士吴阶平教授为首任校长。学校校本部设有10个学院，学校现有19所附属医院、21所临床医学院。
南方医科大学简介：
前身为中国人民解放军第一军医大学，创建于1951年，1979年被确定为全国重点大学，2004年8月整体移交广东省，更名为南方医科大学，广东省重点建设院校。学校现有10个直属附属医院，39个非直属附属医院。
首都医科大学虽然没有南方医科大学的高起点（以前曾经是重点大学），但是发展非常迅猛，现在反而超越了南方医科大学。
学科建设方面，首都医科大学在第四轮学科评估中更有优势：
两所高校的临床和护理专业都不错，其中首都医科口腔更好，南方医科医学影像和医学检验技术更好。
临床医学：
首都医科A-，南方医科B
护理学：
首都医科A-，南方医科B
口腔医学：
首都医科B，南方医科未上榜
公共卫生与预防医学 ：
首都医科B+，南方医科B+
中西医结合：
首都医科C，南方医科B+
药学 ：
首都医科B+，南方医科B
中药学：
首都医科C-，南方医科未上榜
首医毕业后路在何处
1、在北方地区的总体评价还是比较不错的，首医的硕士毕业生至少在天津，河北，山东，河南，山西等还是比较吃的开的
2、对于毕业后留京的问题。外地生越来越难以留在三甲医院，但危重症、急诊、儿科、辅助科室、社区这几门学科留京指标还多一点，像大家喜闻乐见的神内，肿瘤，心内，呼吸这些科室，还是比较难留下的。但是对于三级综合或二甲医院，留下来的可能性还是比较大的。
