山西中医药大学的前身为1978年创办的山西医学院中医大学班。
山西中医药大学1982年，国务院批准筹建山西中医学院。1989年，经原国家教委批准，正式成立山西中医学院。1999年6月，学校通过了原国家教委本科教学工作合格评价。2001年，开始招收硕士研究生。2002年，开始招收留学生。2007年4月，学校以“良好”的成绩通过了教育部本科教学工作水平评估。2013年，获批招收港澳台地区本科生，2014年，学校高水平通过教育部中医学专业认证。
全国中医药文化宣传教育基地揭牌2015年4月27日，学校入选 “卓越医生（中医）教育培养计划改革”试点高校，并承担“中医学五年制本科人才培养模式改革”试点项目1项。2015年9月11日，山西省人民政府与国家中医药管理局签署共建山西中医学院协议。2016年12月，广州中医药大学与山西中医院正式签署“广州中医药大学支持筹建山西中医药大学战略合作协议”。2017年2月27日，山西省人民政府学位委员会、山西省教育厅正式批准山西中医学院为新增博士学位授予单位（点）立项建设高校，建设期为3年。2017年5月10日，教育部正式批准山西中医学院更名为“山西中医药大学”。2017年5月23日，教育部正式发布《关于委托有关高校承担中国政府奖学金生培养任务的函》，批准山西中医药大学成为中国政府奖学金生委托培养高校。
更名揭牌仪式(5张) 2017年6月，学校新增植物保护、康复治疗学、应用心理学三个学士学位授权专业。6月15日，学校分别与左云县、大同市矿区人民政府签署校地合作协议，学校与左云县、大同市矿区中医院分别签署山西中医药大学附属医院医疗联合体合作协议书[2-3] 。同月，国家中医药管理局批准以山西中医药大学为建设单位的“多发性硬化益气活血重点研究室”正式立项，建设为国家中医药管理局重点研究室，实现了学校在该项目建设上零的突破[4] 。6月26日，学校实施“1331工程”统筹推进“双一流”建设报告会暨揭牌仪式在大学生活动中心举行 。 2017年7月24日，学校针推学院（第三中医院）、中西医结合临床学院（中西医结合医院）分别召开干部大会，宣布临床学院与直属附属医院实施“院院合一”管理体制及相关任命决定[6] 。
